த்ரிஷா பிளேக் நோயால் இறக்கும் போது அவளை உயிர்த்தெழுப்பும் முயற்சியில் சகோதரர்கள் மனித உருமாற்றத்தின் தடைசெய்யப்பட்ட ரசவாத நுட்பத்தை செய்கிறார்கள். இதன் விளைவாக, உருமாற்றம் பின்வாங்குகிறது மற்றும் சட்டத்தில் சம பரிமாற்றத்துடன், இடது கால் மற்றும் அல்போன்ஸ் எட்வர்டின் முழு உடலும் பாழாகின்றன. அல்போனின் ஆத்மாவைக் காப்பாற்ற எட்வர்ட் தனது வலது கையை இழக்கிறான், அது ஒரு இரத்த முத்திரையை கவசமாகப் பிணைக்கிறது. அல்போன்ஸ் உடலை ஒரு மாநில இரசவாதி ஆராய்ச்சி செய்ய மீட்டெடுப்பதற்கான ஒரு முறையாக மாற எட்வர்டை ராய் முஸ்டாங் அழைக்கிறார். எட்வர்ட் வெற்றி பெறுகிறார், அவரது புரோஸ்டெடிக் போஸ்ட் கால்களின் படி, ஃபுல்மெட்டல் அல்கெமிஸ்ட்.
மூன்று ஆண்டுகளில், எல்ரிக்ஸ் அவர்களின் நோக்கங்களை உணர புகழ்பெற்ற தத்துவஞானியின் கல்லைத் தேடுகிறார். மார்கோ தனது குறிப்புகளை அவர்களால் கண்டுபிடிக்க அனுப்புகிறார், இருப்பினும் கல்லை மனித தியாகங்களாக மாற்றுவதற்கான அத்தியாவசிய காரணியை அவர்கள் கற்றுக்கொள்கிறார்கள். முஸ்டாங்கின் நண்பரான மேஸ் ஹியூஸ் அவர்களின் ஆராய்ச்சியை மேற்கொள்கிறார், ஆனால் ஹோமுன்குலியின் உத்திகளைக் கண்டுபிடித்ததற்காக மாறுவேடமிட்ட பொறாமையால் சுட்டுக் கொல்லப்படுகிறார்.
இசுமியுடன் பார்த்தபோது, எல்ரிக்ஸ் தனது பிறக்காத குழந்தையின் மீது மனித உருமாற்றம் செய்ததாகக் கற்றுக்கொள்கிறார். முரட்டு ஹோம்குலஸ் பேராசை அல்போன்ஸைப் பிடிக்கிறது, ஆனால் அமெஸ்ட்ரிஸின் தலைவர் கிங் பிராட்லியால் காப்பாற்றப்படுகிறது, இது ஹோம்குலஸ் கோபமாக செயல்படுவதாகக் காட்டப்படுகிறது. பேராசை இவ்வாறு உருகி ஹோமுன்குலியின் தந்தையின் உள்ளே மீண்டும் உறிஞ்சப்படுகிறது. வின்ரியும் எல்ரிக்ஸும் ஹியூஸுடன் செல்ல மத்திய நகரத்திற்குத் திரும்புகிறார்கள், ஆனால் அவர் கடந்து சென்றதை அறிந்து கொள்ளுங்கள். லெப்டினன்ட் மரியா ரோஸ் ஹியூஸின் படுகொலைக்காக வடிவமைக்கப்பட்டார், ஆனால் வெளிப்படையாக முஸ்டாங்கால் கொல்லப்பட்டார். ஆயினும்கூட, ரோஸின் புறப்பாடு அரங்கேற்றப்பட்டதாக எட்வர்ட் அறிகிறான், எனவே ஐக்கிய நாடுகளிலிருந்து ஜிங்கிற்கு முஸ்டாங்கால் கடத்தப்படலாம், ஜிங்கீஸ் இளவரசர் லிங் யாவோ உதவியது. ஹோஹன்ஹெய்ம் எட்வர்டுடன் மீண்டும் ஒன்றிணைக்கப்படுகிறார், ஆனால் அவர் நீண்ட காலமாக இல்லத்தில் இல்லாததால் அவரை வெறுக்கிறார்.
கதை முன்னேறும்போது, ஹோமுங்குலியை கதாநாயகர்கள் மீண்டும் மீண்டும் எதிர்கொள்கின்றனர். முஸ்டாங் காமத்தைக் கொன்றுவிடுகிறார்; முஸ்டாங் மற்றும் லிங் குளுட்டோனியைப் பிடிக்கிறார்கள், இருப்பினும் அவர் பொறாமையை தனது பூஜ்யத்திலும், எட்வர்ட், லிங் போன்ற வயிற்றிலும் உட்கொள்கிறார். தந்தையை சந்திக்க குளுட்டோனி அல்போனை அழைத்துச் செல்கிறார், ஆனால் லிங் வலதுபுறமாக ஒரு ஹோம்குலஸாக மாறுகிறார், குறிப்பாக பேராசையின் புதிய அவதாரம், மற்றவர்கள் குளுட்டோனியின் வயிற்றில் இருந்து தப்பிக்கும் போது. தந்தை அவர்களை எதிர்க்கவில்லை எனில், அவர்களின் நாட்டத்தைத் தொடர எல்ரிக்ஸ் வெளியிடப்படுகிறது.
பிரிக்ஸுக்கு அடியில் ஒரு நிலத்தடி சுரங்கப்பாதையை கண்டுபிடித்து, ஜெனரல் ஆலிவர் ஆம்ஸ்ட்ராங் தந்தையை கண்டுபிடித்துள்ளார் மற்றும் எல்ரிக்ஸ் ஒரு தேசிய உருமாற்றக் குழுவை உருவாக்கி வருகிறார், மேலும் அதன் குடிமக்களுக்கு கொடுக்க விரும்புகிறார், அதனால் அவர் தெய்வபக்திக்கு ஏற முடியும். பேராசை மீட்கிறது தந்தையையும் அவரது முந்தைய சுய நினைவுகளையும் காட்டிக் கொடுக்கிறது, அதனுடன் இணைகிறது, மற்றும் கிம்பிலி ஹோஹன்ஹெய்மின் சிமேரா கூட்டாளிகளான எட்வர்ட். ஹோஹன்ஹெய்ம் தனது மகன்களுக்கு தனித்தனியாக வெளிப்படுத்துகிறார், அவர் மனிதர் அல்ல, நானூறு ஆண்டுகளுக்கு முன்பு தந்தையால் உயிருள்ள தத்துவஞானியின் கல்லாக மாறினார்.
வாக்குறுதி நாள் வந்து, தந்தை ஒரு கிரகணத்தைக் கொண்ட தனது மூலோபாயத்தைத் தொடங்கத் தயாராகிறார், மேலும் மனித உருமாற்றத்தை முயற்சித்தவர்கள் அவரது தியாகங்களாக இன்றியமையாதவை. பல்வேறு கதாபாத்திரங்கள் தந்தையின் கூட்டாளிகளுடன் முரண்படுகின்றன, எல்லா ஹோமுங்குலியும் காலாவதியாகின்றன. ஒரு கட்டாய முஸ்டாங்கைத் தொடர்ந்து, அதே போல் எல்ரிக்ஸ், இசுமி, ஹோஹன்ஹெய்ம் ஆகியவை சேகரிக்கப்படுகின்றன, ஏனெனில் அப்பா தேசிய உருமாற்றத்தை செயல்படுத்துகிறார். ஆயினும்கூட, ஸ்கார் மற்றும் ஹோஹன்ஹெய்ம் அமெஸ்டிரியர்களை எதிர் நடவடிக்கைகளால் காப்பாற்ற செயல்படுத்துகின்றனர். பேராசை தந்தையால் பாழாகிவிட்டது, இருப்பினும் அப்பா தரையில் மேலே எதிர்கொண்டாலும், கதாநாயகர்கள் அவரது தத்துவஞானியின் கல்லை அணிய போராடுகிறார்கள்.
தந்தைக்கு எதிரான கடைசி மோதலின் மூலம் கவசம் அனைத்தும் அழிந்துபோன அல்போன்ஸ், வலது கையை மீண்டும் பெற அவரது ஆவிக்குரியதைக் கொடுக்கிறார், அவர் தந்தையின் கல்லை அழித்து, அவரை எட்வர்டின் சத்தியத்தின் வாயிலுக்கு திருப்பி அனுப்புகிறார். ஆத்மாவையும் அல்போனின் உடலையும் மீட்க ரசவாதம் செய்வதற்கான சக்தியை எட்வர்ட் இழக்கிறார். த்ரிஷாவின் புன்னகையுடன் அவர் இறக்கும் கல்லறையை ஹோஹன்ஹெய்ம் பார்க்கிறார்.
